北交所交易费率由佣金、印花税、过户费、经手费构成，整体为“佣金（可谈）+印花税（卖出万5）+过户费（双边万0.1）+经手费（双边万1.25）”，无单笔最低5元限制。
北交所股票交易费用分为券商佣金、印花税、过户费、交易经手费四部分，费用收取方与规则各不相同。佣金由证券公司收取，最高不超过成交金额的3‰，市场主流默认在万分之三至万分之六，双边收取；北交所无沪深交易所常见的“最低5元/笔”门槛，按实际费率计收，大资金或高频交易可协商至万分之二甚至更低。印花税为国家税收，仅卖出时单边按成交金额的0.5‰（万分之五）收取，买入不收费，标准与沪深市场一致。过户费由中国结算收取，按成交金额的0.001%（十万分之一）双边收取，买卖均付。经手费为北交所规费，自2023年8月28日起按成交金额的0.125‰（万分之1.25）双边收取，是北交所相对沪深市场成本偏高的主要原因。
费用计算简单清晰。以成交金额10万元为例：买入时，佣金按万3计为30元，过户费1元，经手费12.5元，无印花税，合计43.5元；卖出时，佣金30元，过户费1元，经手费12.5元，印花税50元，合计93.5元；完整买卖一轮总费用约137元，占交易额的0.137%。因佣金可协商，实际成本会随券商费率调整。
北交所与沪深交易所费率差异核心在经手费：北交所双边万1.25，沪深主板约万0.541，相差约2.3倍；过户费北交所双边万0.1，深市免收、沪市相同；印花税完全一致，卖出万5。北交所交易成本高于沪深，主要因新设交易所运营与流动性支持成本更高，投资者制定高频交易策略时需重点考量这一差异。
降低北交所交易成本的关键在佣金协商，规费与印花税为固定刚性支出。北交所暂免可转债经手费，优先股按普通股标准执行，交易前需核对品种细则。
